La comisión fue creada por acuerdo presidencial el 18 de Octubre de 1983 y su Reglamento interior fue publicado en Octubre de 1986.
Su misión se concentra en dos grandes aspectos:
1. Ser un espacio de coordinación interinstitucional entre el sector salud y el educativo y
2. Ser un órgano asesor de la SEP, la SSA y de las instituciones de educación de salud.

Antecedentes previos a su creación

En 1964 ocurre un gran movimiento médico producto de la inequidad económica, de cómo se desarrollaban las actividades de los médicos residentes en las diferentes unidades médicas y de que los programas que se aplicaban, realmente no tenían un sustento académico por parte de una universidad, o no existía un programa académico. En 1968 y 1969 empieza a existir una diferencia considerable entre la oferta y la demanda de los cursos de postgrado e inician diversos procesos de selección interna, heterogéneos entre sí, para los médicos que cursarían una especialidad en el IMSS, ISSSTE Y SSA.
En 1973 se reúnen los Jefes de Enseñanza de esas instituciones y por parte de la UNAM, el Director de la Facultadde Medicina y el Jefe de Postgrado y acuerdan establecer un instrumento único y por primera ocasión.
En 1975, se aplica el primer examen para aspirantes a residencias médicas, a través de la Comisión del Examen Nacional para Aspirantes a Residencias Médicas, esta Comisión continúa su trabajo hasta 1983, año en que se crea la CIFRHS, con un fondo económico que tenía esa misma Comisión y su función la delega a la Comisión Interinstitucional.
 
Creación:
I.- Decreto No 18936, el cual reforma y adiciona diversos artículos de la Ley Estatal de Salud, creando al organismo interinstitucional en su artículo 115 último párrafo.
II.- Publicado en el Periódico Oficial del Estado el 13 de marzo del 2001, Sección XVIII.