Debes ingresar a la página de Internet (http://gobiernoenlinea1.jalisco.gob.mx/vehicular/) escribir las placas y los últimos 5 dígitos del  número de serie de tu vehículo, al ingresar a la plataforma te aparecerá los adeudos que tiene tu vehículo incluida las infracciones o multas, eliges cual concepto quieres pagar y en la parte inferior seleccionas "Generar formato de pago" y te generará un archivo PDF para su impresión y pago en tiendas de autoservicio o bancos, igual en caso de que así lo decidas puedes hacer el pago en línea.

Referencias: 
Formato
Pago
Refrendo
Banco
Tienda autoservicio
Donde
SEPAF
Secretaría de Planeación Administración y Finanzas
Vehicular
Vehículos
Tarjeta circulación
En línea
Internet