Entre sus principales funciones se encuentran las de:

  • Ser instancia de consulta para la elaboración, ejecución y evaluación de los planes, programas y proyectos que las dependencias y entidades de la Administración Pública Estatal desarrollen en la materia, así como para los municipios que lo soliciten;
  • Diseñar y operar, en el marco del Consejo Consultivo, un sistema de consulta y participación indígena en la formulación, ejecución y evaluación de los planes y programas de desarrollo;
  • Participar en las políticas públicas y la aplicación de los programas, proyectos y acciones gubernamentales que conduzcan al desarrollo integral de dichos pueblos y comunidades;
  • Proponer y promover las medidas que se requieran para el cumplimiento de lo dispuesto en el apartado B del artículo 4o. de la Constitución Política del Estado de Jalisco;
  • Realizar investigaciones y estudios para el desarrollo integral de los pueblos indígenas;
  • Asesorar y apoyar en la materia indígena a las organizaciones de los sectores social y privado que lo soliciten;
  • Implementar programas de difusión dirigidos a las poblaciones indígenas para dar a conocer las leyes vigentes, el funcionamiento del sistema judicial y el de las instituciones que integran el Estado;
  • Fungir como Centro de Mediación, en los términos de la Ley de Justicia Alternativa del Estado;
  • Las demás que establezcan las disposiciones legales aplicables.